Manifestaciones cardíacas: Bradicardia, la cual es generalmente moderada y dependiente de la dosis. En ciertos casos (disfunción sinusal de edad avanzada) se ha observado una bradicardia marcada y más excepcionalmente, un paro sinusal.
Raramente: Trastornos de la conducción (bloqueo sinoauricular, bloqueos aurículo-ventriculares de diferentes grados).
El efecto arritmógeno de la Amiodarona es leve, inferior al de la mayoría de los antiarrítmicos y generalmente aparece con ciertas asociaciones medicamentosas o trastornos electrolíticos.
Se han reportado algunos casos de paro cardíaco relacionado con el agravamiento de arritmias; en vista del conocimiento actual no es posible diferenciar si esto es debido al medicamento o a la alteración cardiaca de base como resultado de ineficacia de la terapia. Estos efectos son raramente reportados que con otros medicamentos antiarrítmicos y generalmente ocurren como resultado de una interacción medicamentosa o por trastornos electrolíticos (ver interacciones medicamentosas y de otro género).

Manifestaciones oculares: Casi todos los pacientes adultos que han tomado el medicamento por más de 6 meses presentan microdepósitos corneales. Algunos pacientes desarrollan
algunos síntomas oculares de halos, como fotofobia y resequedad conjuntiva!. La visión raramente está afectada y la descontinuación del medicamento es raramente necesaria.
Se han reportado algunos casos de neuritis y neuropatía óptica. La relación con Amiodarona no ha sido establecida. Se recomienda una evaluación oftalmológica completa (incluyendo fondo de ojo) si se presenta visión borrosa o disminución en la visión. la neuropatía óptica puede progresar hacia ceguera, por lo que la aparición de esta patología requiere re-evaluación de la terapia con Amiodarona.

Manifestaciones cutáneas:
Fotosensibilización: se aconseja no exponerse al sol (y de manera general a los rayos ultravioleta), durante el tratamiento. Se han reportado casos de eritema durante la radioterapia.
Exantemas: Generalmente son pocos específicos. Algunos casos excepcionales de dermatitis exfoliativa y alopecia han sido reportados sin que la relación con el uso del producto haya sido claramente establecida.
Las pigmentaciones cutáneas violáceas o gris pizarra aparecen excepcionalmente con posologías elevadas, prescritas durante periodos largos; después de la interrupción del tratamiento la desaparición de estas pigmentaciones es lenta.

Manifestaciones tiroideas: Es usual observar cambios en algunas pruebas de función tiroidea con el uso de Amiodarona, debido a la estructura química del medicamento (incremento de T4 con T3 ligeramente disminuida o normal). No se justifica la interrupción del tratamiento en ausencia de manifestaciones clínicas de disfunción tiroidea.
Hipotiroidismo: Los siguientes datos clínicos, usualmente ligeros, sugieren el diagnóstico de hipotiroidismo relacionado con Amiodarona: incremento de peso, disminución de la actividad, bradicardia excesiva. El diagnóstico debe confirmarse por el incremento de TSH ultrasensible (usTSH) en plasma. La recuperación de la función tiroidea so obtiene después de 1 a >3 meses de descontinuación del tratamiento. En situaciones que amenazan la vida, la terapia con Amiodarona puede continuarse concomitantemente con L-tiroxina. la dosis se debe ajustar de acuerdo a los niveles de TSH.
Hipertiroidismo: Puede ocurrir durante el tratamiento y unos meses después de haber suspendido el tratamiento. Los siguientes datos clínicos, usualmente ligeros, sugieren el diagnóstico de hipertiroidismo: pérdida de peso, inicio de arritmias, angina de pecho, insuficiencia cardiaca congestiva. El diagnóstico debe confirmarse por una clara disminución de niveles plasmáticos de usTSH. En estos casos, la Amiodarona deberá descontinuarse. La recuperación usualmente ocurre dentro de los primeros meses posteriores a la suspensión del tratamiento.
La recuperación clínica precede a la normalización de las pruebas de funcionamiento tiroideo. Algunos casos severos que pueden resultar en la muerte requieren de manejo terapéutico de emergencia. El tratamiento debe ajustarse individualmente: medicamento antitiroideos (no son siempre efectivos), corticoterapia, 13-bloqueadores, etc.

Manifestaciones hepáticas: Pueden ocurrir anormalidades hepáticas agudas (incluyendo insuficiencia hepática hepatocelular severa o falla hepática algunas veces fatal), pueden ocurrir desórdenes hepáticos crónicos con las presentaciones orales e intravenosas y dentro de las primeras 24 horas de haber aplicado la Amiodarona I.V.
Por lo tanto, la dosis de Amiodarona debe ser reducida o el tratamiento descontinuado si el incremento de las transaminasas excede 3 veces el rango normal. 

Incrementos aislados de las transaminasas plasmáticas, usualmente moderados (1.5 a 3 veces de lo normal) han sido reportados a inicio de la terapia; los niveles normales pueden recuperarse con la reducción de la dosis o en ocasiones de manera espontánea.
Algunos casos de trastornos hepáticos graves con elevaciones de transaminasas séricas y/o ictericia, incluyendo algunas muertes han sido también reportados, en cuyo caso el tratamiento deberá ser descontinuado.
Han sido reportados algunos casos de enfermedades crónicas hepática (hepatitis pseudoalcohólica, cirrosis). Los signos clínicos y los cambios en pruebas de laboratorio debido a la Amiodarona oral pueden ser mínimos (hepatomegalia, incremento de transaminasas 5 veces el rango normal). Se recomienda monitoreo regular de la función hepática durante el tratamiento con Amiodarona. Se han reportado algunos casos fatales, pero generalmente las alteraciones clínicas y de laboratorio revierten al suspender el tratamiento.

Manifestaciones pulmonares: Se han reportado casos de toxicidad pulmonar que pueden ser fatales (neumonitis o fibrosis alveolar/intersticial, pleuritis, bronquiolitis obliterante).
Deben realizarse estudios radiológicos en los pacientes que manifiestan disnea de esfuerzo, asociada o no a deterioro del estado general de salud (fatiga, pérdida de peso, fiebre).
Los trastornos pulmonares generalmente son reversibles después de la suspensión temprana de Amiodarona. Habitualmente, los signos clínicos desaparecen en 3 o 4 semanas; la mejoría radiológica y funcional es más lenta (varios meses). La re-evaluación de la terapia con Amiodarona debe considerarse y debe evaluarse la corticoterapia.
Se han reportado algunos casos de broncoespasmo en pacientes con insuficiencia respiratoria severa y especialmente en pacientes asmáticos
En pocos adultos sometidos a cirugía se ha observado síndrome de insuficiencia respiratoria aguda, que en algunos casos ha resultado en muerte (una posible interacción con altas concentraciones de oxígeno pudiera estar relacionada).
Frecuencia de hemorragia pulmonar: desconocida.

Manifestaciones neurológicas:
Son raras: Neuropatía periféricas sensitivomotoras y/o miopatías. generalmente reversibles al interrumpir el tratamiento.
Otros trastornos informados: Temblor extrapiramidal, ataxia de tipo cerebeloso, excepcionalmente
hipertensión intracraneal benigna (pseudotumor cerebral), pesadillas.

Manifestaciones diversas: Trastornos digestivos benignos  (náuseas, vómitos, disgusia) habitualmente relacionados con la dosis de ataque y que desaparecen con la reducción de la posología.
Sistema Reproductivo: Se han informado algunos casos de epididimitis, así como algunos casos de impotencia. La relación con el medicamento no ha sido establecida.
Algunos casos excepcionales de anemia hemolítica o anemia aplásica han sido reportados también.
Muy raros: Síndrome de secreción inapropiada hormona antidiurétic (SIADH) por sus siglas en inglés.

Reacciones sistémicas:

• Bochornos, sudoración, náusea.
• Hipotensión arterial, usualmente moderada y transitoria. Casos severos de hipotensión arterial o colapso vascular han sido reportados debido a sobredosificación o a rápida administración.
• Bradicardia, especialmente en algunos pacientes de edad avanzada. Marcada bradicardia o paro sinusal que requiere descontinuación de la terapia en algunas ocasiones.
• Se han reportado algunos casos de paro cardiaco relacionado con el agravamiento de arritmias; en vista del conocimiento actual no es posible diferenciar si esto es debido al medicamento o a la alteración cardíaca de base; o puede ser el resultado de ineficacia de la terapia. Estas manifestaciones son más raramente reportadas que con otros medicamentos antiarrítmicos y generalmente se presentan en pacientes con trastorno hidroelectrolítico o con multi-terapia medicamentosa (ver Interacciones medicamentosas)
• Otros efectos aparentemente excepcionales (algunos casos aislados) de shock anafiláctico, hipertensión intracraneana benigna (pseudotumor cerebral), broncoespasmo y/o apnea en casos severos de insuficiencia respiratoria y especialmente en pacientes asmáticos, han sido reportados posteriormente a la administración intravenosa.
• Frecuencia de Edema angioneurótico (Edema de Quincke): desconocida.