El astemizol carece de efectos secundarios de tipo sedante. Los efectos adversos del astemizol más frecuentemente reportados incluyen cefalea, sequedad de boca y náuseas.

Algunos otros efectos indeseables relacionados con la administración de astemizol incluyen prurito, rash, fotosensibilidad, angioedema, anafilaxia, broncospasmo, convulsiones, parestesias, mialgias, artralgias, alteraciones del temperamento, insomnio, aumento de las transaminasas y hepatitis.

Puede llegar a observarse un incremento de peso en tratamientos prolongados.

Se ha informado algunos eventos adversos a nivel cardiovascular que incluyen desde la prolongación del intervalo QT hasta el paro cardiaco irreversible, arritmias ventriculares, incluyendo taquicardia ventricular polimórfica (con dosis mayores de 3 mg al día), en estos pacientes se puede presentar palpitaciones, mareo y síncope previos a la detección electrocardiográfica.

Por lo tanto, se recomienda evitar el uso de astemizol en los pacientes con riesgo conocido de prolongación de intervalos QT que tomen medicamentos con los que se reporte prolongación del mismo como es el caso de algunos antiarrítmicos, terfenadina y eritromicina, así como en los casos de hipocaliemia no corregida; ya que podrían experimentar alargamiento del intervalo QT y/o arritmias ventriculares. Debido a que el metabolismo del astemizol se lleva a cabo principalmente en el hígado, éste deberá evitarse en pacientes con insuficiencia hepática severa.