El perfil de reacciones adversas  de la sertralina es menor que las de otros antidepresivos debido a que la droga es altamente selectiva como inhibidor de la captura de serótina. Algunos efectos como nausea, diarrea y anorexia, tremor e insomnio son menos frecuentes con sertralina que con antidepresivos triciclitos.

• Sistema nervioso central: Cefalea, somnolencia, mareos, fatiga, que en ocasiones requieren la suspensión del tratamiento.
  Insomnio, tremor, nerviosismo, ansiedad, parestesias, agitación hipoestecia, hipertonía, hipomanía, hipoquinecia, nistagmo, vértigo, alteraciones del sueño, agresividad, amnesia, apatía, depresión o agravamiento de está, reacción paranoide en 0.1% de los pacientes.
  Anestesia local, reacción antisocial, coreoatetosis, disquinecia, coma, disfonía, hiporreflexia, hipotonía, sonambulismo, histeria, en menos de 0.1% de los pacientes.
  Raramente se han reportado alteraciones extrapiramidales.
• Aparato digestivo: náusea, boca seca, diarrea, dispepsia, en ocasiones la nausea obliga al a suspensión del tratamiento, vómito, flatulencia, dolor abdominal.
• Piel: Rash, que puede ser eritematoso, folicular o maculopapular, acné, alopecia, piel seca, prurito, erupción bulosa, dermatitis, eritema multiforme, fotosensibilidad , decoloración de la piel, hipertricosis, urticaria, angioedema, sudoración.
• Metabolismo: Aumento o pérdida de peso, anorexia.
• Organos de los sentidos: Visión borrosa, alteraciones de la acomodación, conjuntivitis, diplopía, seroftalmia, dolor ocular, midriasis, tinnitus, otitits media.
• Cardiovascular: Palpitaciones, isquemia periférica y taquicardia en menos de 0.1% de los pacientes.
• Músculo esquelético: Milagia, dolor de espalda, artralgias, debilidad muscular.
• Sangre: Púrpura, sangrado anormal, anemia y neutropenia, aunque no se ha establecido la relación directa con sertralina.
• Respiratorio: Rinitis, faringitis en 2.0% de los pacientes.
• Renal, electrolitos, genitourinario: Hiponatremia, disfunción sexual en hombres y mujeres, alteraciones menstruales dismenorrea, sangrado intermenstrual, disuria, nicturia, poliuria, incontinencia balonopostitis, amenorrea, oliguria, leucorrea, menorragia, vaginitis atrófica, retención urinaria en menos de 0.1% de los pacientes.
• Hígado: Elevación del ALT y AST entre la semana 1 a 9, reversible al descontinuar el tratamiento.