Latanoprost puede causar una ligera sensación de cuerpo extraño durante los primeros dos o tres días de tratamiento. Se ha notado una leve hiperemia conjuntival en aproximadamente 10% y una hiperemia moderada en aproximadamente 1% de los pacientes que continúan con el tratamiento crónico. Se han notado erosiones epiteliales punteadas transitorias, la mayoría sin síntomas, en algunos pacientes. Raramente se ha reportado erupción cutánea de etiología desconocida durante el tratamiento con latanoprost. Latanoprost causa una pigmentación incrementada del iris. Latanoprost puede cambiar gradualmente el color del ojo incrementando la cantidad de pigmento café en el iris.

Este efecto se ha observado predominantemente en pacientes con iris de colores mezclados, es decir, azul-café, gris-café, verde-café o amarillo-café y se debe al contenido de melanina incrementado en los melanocitos estromáticos del iris. De manera típica, la pigmentación café alrededor de la pupila se dispersa concéntricamente hacia la periferia en los ojos afectados, pero el iris completo o partes de él, pueden volverse más cafés. En pacientes con ojos homogéneamente azules, grises, verdes o café, el cambio se ha observado sólo rara vez durante los dos años de tratamiento en los estudios clínicos. Hasta el momento el cambio en el color del iris ocurre lentamente y puede no ser notable durante varios meses o años. No se ha asociado con ningún síntoma o cambios patológicos en los estudios clínicos. No se ha observado un incremento adicional en el pigmento café del iris después de descontinuar el tratamiento, pero el cambio de color resultante puede ser permanente. Ni las marcas de nacimiento ni las manchas del iris se han afectado por el tratamiento.

En los estudios clínicos no se ha observado acumulación del pigmento en la malla trabecular o de otra parte en la cámara anterior, pero hasta que se disponga de experiencia adicional a largo plazo acerca de la pigmentación incrementada del iris, los pacientes deberán examinarse regularmente y dependiendo de la situación clínica, puede detenerse el tratamiento si la pigmentación incrementada del iris continúa. Un tratamiento unilateral puede resultar en una heterocromía permanente. Latanoprost no tiene o tiene un pequeño efecto en la pupila pero hay experiencia en ataques agudos de glaucomade ángulo cerrado. Se recomienda, por lo tanto, que latanoprost se utilice con precaución en estas condiciones hasta que se obtenga mayor experiencia. Latanoprost puede causar oscurecimiento, adelgazamiento y alargamiento de las pestañas. Ha sido raramente notado el oscurecimiento de la piel palpebral de los párpados.

El edema macular ha sido reportado raramente durante el tratamiento con latanoprost. Estos reportes principalmente han ocurrido en pacientes con factores de riesgo para desarrollar edema macular. También han sido reportados casos raros de iritis y uveitis. Se han reportado raros casos de asma, agravamiento del asma, ataque de asma aguda y disnea, especialmente en aquellos pacientes que tienen una historia previa de asma. Existe una limitada experiencia en pacientes con asma, pero no se ha encontrado que el latanoprost afecte la función pulmonar cuando se ha estudiado en un pequeño número de pacientes tratados con esteroides que padecían asma moderada. Tampoco se ha encontrado que afecte la función pulmonar, reacción de vías aéreas o la respuesta de los receptores beta2, cuando se ha estudiado en un pequeño número de pacientes no tratados con drogas esteroideas que padecían asma.