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Las reacciones adversas que se han presentado con el uso de mitomicina incluyen:

• Nefrotoxicidad: La mitomicina puede causar síndrome hemolítico urémico. Este síndrome es una complicación grave de la quimioterapia y puede aparecer en cualquier momento del tratamiento con mitomicina ya sea sola o en combinación. Se manifiesta por anemia hemolítica microangiopática, trombocitopenia e insuficiencia renal irreversible. El riesgo de presentar síndrome hemolítico urémico se incrementa cuando se utilizan dosis de 60 mg o más y se puede exacerbar con las transfusiones sanguíneas. También se ha presentado insuficiencia renal sin hemólisis.
• Mielosupresión: La depresión de la médula ósea se manifiesta principalmente por leucopenia y trombocitopenia y se presenta 3 a 8 semanas después de haber iniciado el tratamiento y por lo general la recuperación ocurre dentro de 10 semanas después de suspender el tratamiento. La duración de la mielosupresión parece ser inversamente relacionada al recuento inicial de leucocitos y plaquetas. La severidad de la depresión de la médula ósea es variable y determinante para ajustar las dosis subsecuentes del medicamento.
• Neumopatía: Generalmente la incidencia es rara. Ocurre después de varias dosis y puede poner en peligro la vida.
• Reacciones en piel y mucosas: Se pude presentar estomatitis y alopecia. También se ha reportado celulitis en el sitio de inyección aunque por lo general las reacciones están relacionadas a la extravasación. Se ha presentado ulceración y eritema tardío semanas o meses después de la administración del medicamento.
• Otras reacciones: Náuseas, vómitos y pérdida de apetito. En muy raras ocasiones se ha presentado datos de insuficiencia congestiva cardiaca, sobre todo cuando se utiliza la mitomicina en combinación con otros agentes quimioterapéuticos.