El trasplante de microbiota fecal es un tratamiento para infección recurrente por Clostridioides difficile y otras afecciones, como la erradicación de organismos resistentes a múltiples fármacos y la enfermedad de injerto contra huésped. Por ello, se espera su pronta implementación como una estrategia para varias indicaciones nuevas, aunque faltan muchos estudios al respecto.